Description
Im Praktikum werden Bioinformatik-Anwendungsprogramme, Infrastruktur- und Programmierwerkzeuge zu einer Basisarbeitsumgebung für die Bioinformatik integriert. Dabei werden Basiskenntnisse in allen drei Bereichen- Bioinformatikanwendungen
- Betriebssystem, Web, Datenbanken, Skripting, und
- Programmierung
vermittelt und eingesetzt. Als Bioinformatik Anwendungungsprogramme werden Tools wie Blast, Fasta, Rasmol, ... verwendet. Einige neue Tools der Arbeitsumgebung werden im Praktikum in Java oder Python implementiert. Die Programme werden über eine Webschnittstelle angesprochen und die Ergebnisse der Programme ebenfalls per Webbrowser visualisiert. Zur Implementierung und Integration werden Python und Java unter Linux, MySql und HTML/XML eingesetzt.
Dieser Kurs findet in Kooperation mit der LMU, Lehr- und Forschungseinheit Bioinformatik am Institut für Informatik statt.